Автономная система контроля доступа в отличии от сетевой управляет только одним, реже двумя-тремя устройствами контроля прохода и не связывается с оператором. Автономная система контроля доступа состоит из микроконтроллера, в котором хранится база данных подключенных идентификаторов или магнитных ключей и непосредственно исполнительных устройств. Автономная система контроля доступа поддерживает в качестве исполняющих устройств магнитные замки, защелки, турникеты. Наиболее частый вариант использования – считыватель ключа для входа и свободный выход из помещения по кнопке. Этот вариант значительно упрощает схему контроллера.
Более сложной и многофункциональной является автономная система контроля доступа с возможностью сбора и хранения информации. В этом случае во внутреннюю память контроллера или карту памяти сохраняется информация о событиях, которая может быть снята оператором. В простейшем варианте информация считывается непосредственно с контроллера при доступе специалиста к нему. Переходным вариантом к сетевым системам являются контроллеры, обеспечивающие периодические сеансы удаленной связи с рабочим местом оператора. Такие системы являются оптимальным вариантом для средних условий безопасности, не требующих мгновенной реакции.